Computational evidence · hypothesis layer

계산이 프레임을
어떻게 지지·제한하는가

판결문이 아니라 가설 층. 2축 triage + AlphaFold Server WT vs S152I. fold 유사 ≠ ER 통과 · 열안정 보장.

1. 도구

도구IDSX
AlphaFold Server (AF3 계열)✅ 메인 — WT·S152I 완료
ColabFold / 로컬 AF2선택 교차확인
FoldX / Rosetta ΔΔG다음 (모듈 불안정 수치)
RFdiffusion후속 — 표면 interface set에만

2. 2축 맵 (프로젝트 전역)

X = 촉매 거리 · Y = 네트워크 중요도 프록시. 오른쪽 상단 = rescue-logic.

2axis
Ser152·Asp308 대표 · FGly84/Asp45/Arg88 제외·주의 대조.
table
계산 패널용 잔기 표.

3. 구조 직접 보기

job 목록: AF 목록 · 사진·3D: AF 구조

WT cyan
WT = cyan · 노랑 = 152
S152I orange
S152I = orange · 노랑 = 152
overlay
정렬 겹침: cyan WT · orange S152I (거의 동일 fold — 정상)

차이만 보고 싶으면 → AF 구조 §1b · 다중 변이 → §1c MULTI×4

diff only
Difference-only (이동 <0.4 Å 숨김). U152 ~0.9 Å · 최대는 U449 루프 ~3.5 Å
multi profile
MULTI×4(Y108C+D148N+S152I+D308G) vs S152I only — 전역 RMSD 둘 다 ~0.35–0.37 Å

4. AlphaFold Server — 수치 요약

fold_ids_wild_type/ · fold_s152i_ids/ · 분석 AF2_runs/AF3_analysis/

항목결과
서열UniProt 34–550 · S152↔I152 확인
템플릿양쪽 ON
pTMWT 0.97 · S152I 0.96
Global Cα RMSD~0.37 Å
pLDDT U15298.8 → 84.2 (Δ −14.6)
pLDDT U145–155평균 큰 폭 하락
AF-WT vs 5FQL~0.34 Å
profiles
전 사슬 pLDDT · ΔpLDDT · Cα 편차. 노란선 U152.
zoom
U100–170 모듈 구간 확대.

5. 해석 규율 (ER·열안정과 연결)

지지: native-like 좌표 모델은 존재 가능. 모듈 구간 자신감↓ → 미묘한 불안정 힌트. 표면 패치 정의용 좌표로 쓸 수 있다.
비지지: RMSD 작음 = 안정·ER 통과·무해. pLDDT↓ = ERAD 증명. AF = 열안정 보장.
프레임 정합: 대붕괴 가설 약화. “네트워크만 유지되면 QC 통과에 유리할 수 있다”는 기각되지 않음 — ΔΔG·세포가 다음.

제한: 템플릿 ON · 시드 상이. 교차확인 시 template off / ΔΔG 권장.

6. 다음 계산 큐

  1. ΔΔG (WT vs S152I + 대조)
  2. (선택) template off
  3. 형제 TIER1 동일 파이프라인
  4. 패치 1개 확정 후 RFdiffusion — competence 기준 사전 등록