Public lab notebook
사고의 궤적
무엇을 버리고 남겼는지. 관심의 깊이는 여기에 쌓인다.
출발
접힘·배달 실패일 수 있다
IDS · P22304 · 5FQL 고정. PC 직관.
자료
797 DB · triage · 자문 패키지
빈도 → amenability proxy. Hard EXCLUDE.
전환
binding ≠ competence · 네트워크 · continuum
D2S0. 변이≠결합. RFdiffusion 재정의.
기전
Ser152 모듈 · H-bond · 개연성 순위
구조 물리 단단 · 세포는 클래스.
검증
PDB/UniProt/ClinVar 감사 · 웹 포털
재료의 정직함 = claim 천장.
계산
AF Server WT≈S152I · 모듈 pLDDT↓
대붕괴 약화 · 미묘한 불안정 힌트.
용어
에피토프 혼란 해소
module node / surface patch / RF interface set. 매장=직접 결합 불가.
ER·ABX
서열 판독 아님 · 암브록솔 조건 레퍼런스
열안정=온도계 · 목표=네트워크→competence.
외부 렌즈
Baker · 이상민 교수(PDL) 가상 리뷰
표면 설계 정합 · 결합≠구제 층 분리 · 면담 질문지.
차이 맵
전체는 거의 동일 → 차이 구간만 추가 시각화
U152 ~0.9 Å · 최대 U449 루프. 기존 오버레이 유지 + diff-only 레이어.
MULTI×4
Y108C+D148N+S152I+D308G 동시 — RMSD 0.35 Å (S152I와 동급)
핫스팟 여러 개여도 AF fold 거의 동일. R88C 4중은 미실행(폴더명만). 구조 페이지 §1c.
17:52 확인
최상위 fold_y108c_… / fold_r88c_… 재검증
유효 MULTI×4 = Y108C+D148N+S152I+D308G (RMSD 0.35). r88c 폴더는 서열 중복.
정리
동일 서열 폴더 삭제 · 인덱스 3개만 유지
남김: WT · S152I · fold_y108c_d148n_s152i_d308g_ids. AF목록 갱신.
2026-07-17
마스터 패키지 v2 — 연대기 · 12개월 플랜 · Advisor 키노트 30장
개발 과정·논리 강도·Track A/B 긴장·화학공학 렌즈·90일 게이트를 한 서사로 고정. 마스터 패키지 페이지 · 연대기 · 플랜 · PPTX
GitHub
docs/master-package/ 공개 · 포털 내비에 「마스터」추가
자문·기록용 산출물을 idsx-lab에 동기화. claim/non-claim 유지.
심화 세션
화공 PFD·PFI · 방향 D1–D8 · 갭 P0 · Track B 비평 · 에피토프 카드 · KPI 페이지
언어 규율
| 쓰지 않음 | 씀 |
|---|---|
| 152에 붙인다 | 모듈 고장 · 표면 패치에 붙인다 |
| TIER1 = 약 된다 | 구조 프록시 고우선 |
| 최중요 잔기 | 대표 모듈 사례 |
| AF 유사 = 무해/ER OK | 도면 가능 · 수율·QC는 별개 |
| ER이 서열 폐기 | 접힘·당·샤페론 상태 |
| 목표 = 열안정 보장 | 목표 = competence · Tm은 온도계 |
| 암브록솔 = IDS 약 | 성공 조건 레퍼런스 |
| hotspot 한 단어로 전부 | node / patch / RF set 분리 |
리스크
- ClinVar 노이즈 · 규칙≠ΔΔG
- 템플릿 ON AF 과도 crystal 흡인
- 결합 claim → 구제 claim 점프
- 계산만 · 실험 파트너 부재