지금까지의 모든 논의를
한 지도로
이 페이지는 로직 맵, 기전, AF 결과, ER·암브록솔, 용어, Baker/PDL 시선, 다음 스텝을 하나의 내러티브로 묶는다. 치료 claim이 아니라 의사결정·사고의 공개 기록소다. 개발 연대기·12개월 게이트·Advisor 덱은 마스터 패키지에 별도 고정했다.
0. 30초 요약
| 질문 | 답 |
|---|---|
| 무엇을? | 변이 IDS의 기능 가능 구조 유지·회복 |
| 성공? | 결합이 아니라 catalytic competence |
| 단위? | 개별 잔기가 아니라 구조 네트워크(모듈) |
| Ser152? | 촉매 아님 · 코어 노드 · 대표 사례 (유일 열쇠 아님) |
| 붙이는 곳? | 152 불가(매장) · 연결 표면 패치 |
| ER? | 서열 판독 아님 · 접힘·당·샤페론 상태 |
| AF? | fold 유사 · 모듈 pLDDT↓ · 대붕괴 전제 약화 |
| 암브록솔? | GCase PC 조건 레퍼런스 · IDS 약 아님 |
| 열안정? | 온도계(대리 지표) · 프로젝트 제목 아님 |
1. 로직의 뼈대 (4단)
② 일부 미스센스는 활성부위보다 코어 패킹·H-bond 모듈을 흔든다
③ 접힘 수율·중간체가 불리하면 ERQC에 걸려 배달↓ · 활성↓ (대붕괴 불필요)
④ 개입은 매장 노드가 아니라 연결 표면 → competence를 본다
D2S0: docking / binding ≠ 기능 회복.
2. 용어 (세 층 hotspot — 절대 섞지 말 것)
| 말 | 뜻 | 예시 |
|---|---|---|
| Disease / module node | 어디가 고장인가 (구조 모듈) | Ser152 코어 네트워크 |
| Surface patch (구 “에피토프”) | 어디를 붙잡을 수 있는가 (손잡이) | Tyr151·Pro150 등 표면 |
| RFdiffusion interface set | 바인더 설계 시 지정하는 표적 표면 잔기 | Baker lab “hotspot” 입력 |
완전 매장 152에 직접 결합 ≈ 불가능 → focusing의 의미는 문제 모듈을 정하고, 그와 이어진 표면에 개입을 모은다는 것.
3. 목표 계층 — 열안정은 어디인가
세포: ERQC 통과 · 배달↑ · ERAD↓
분자: interaction network / 기능 구조 유지
대리 지표: Tm · ΔΔG · 발현 · 국재 · 결합 KD …
암브록솔이 “붙잡아 안정화”하는 것은 ER에서의 접힘 상태에 가깝고, 열안정은 그 효과를 실험실에서 잡기 쉬운 온도계 중 하나다. IDS 프로젝트를 “열안정 보장 인자 찾기”로 rename하지 않는다. 본심은 네트워크 유지 → QC 통과 → competence다.
4. ER · misfolding · AF (오늘까지 결과 포함)
- ER은 ‘152=I’ 문자를 읽지 않는다. 구조·당쇄·샤페론 상태를 본다.
- JOB WT · S152I · MULTI×4 (Y108C+D148N+S152I+D308G) 완료
- S152I vs WT: RMSD ~0.37 Å · U152 pLDDT 98.8→84.2
- MULTI×4 vs WT: RMSD ~0.35 Å (단일과 동급) → 핫스팟 여러 개여도 AF fold 거의 동일
- 완성 도면 가능 · 대붕괴 전제 약화 · AF 좌표≠안정도/순위 심판
- R88C 포함 4중 job은 폴더명만 있고 서열 중복 → 미실행
5. 모듈 사례 Ser152 (요약)
- 5FQL: RSA 0% · 촉매 ~10.3 Å · OH···Asp148 / Thr118
- 1차 기전: 부피·H-bond·극성 → 모듈 불안정
- 2차(클래스): ERQC → 전달/ERAD
- TIER1 얼굴 · Asp308 등과 형제 · Arg88은 포켓 반례
깊이 → 모듈 사례
6. 암브록솔 레퍼런스 (요약)
- 표적: GCase (GBA1) · 기질: GlcCer
- 중성(ER) 안정화 · 산성(리소좀) 억제 완화 서사
- IDS에 주는 교훈: 대붕괴 없어도 구제 논리 가능 · genotype-selective · competence 지표
- IDS에 암브록솔 투여 claim 금지
상세 → 레퍼런스
7. Baker lab / 이상민 교수 (PDL) 렌즈
| 맞음 | 고치라 할 것 |
|---|---|
| 표면 계면에 설계 · 구조 우선 · 결합≠기능 | hotspot 용어 혼동 · 결합=구제 한 방에 claim |
| RFdiffusion = 지정 표면 binder 생성 | 접힘 결함 표적은 WT 먼저 등 층 분리 |
| design space 축소(triage) | 계산만 쌓기 · 실험 milestone 없음 |
질문지: 로컬 Advisor_Briefing_Package/06_면담질문지_…
8. 근거 강도
| 층 | 강도 |
|---|---|
| 네트워크·competence 프레임 | ★★★★☆ |
| Ser152 구조 모듈 (5FQL) | ★★★★☆ |
| 표면 간접 안정화 전략 | ★★★☆☆ 논리 · 미검증 |
| 임상 continuum | ★★★☆☆ 가설 |
| AF 좌표·pLDDT | ★★★☆☆ 1차 계산 |
| 치료·구제 성공 | ★☆☆☆☆ claim 금지 |
9. 다음 스텝 (하나만)
- A 재료: HGVS/ClinVar 정리
- B ΔΔG / (선택) Tm — 대리 지표로 모듈 불안정 수치화
- C 잔존활성·트래픽킹 문헌 표
- D 표면 패치 1개 확정 후 설계 파일럿 (전제 후)
10. 합의 문단 (복붙)
우리는 IDS 미스센스를 독립 라벨이 아니라 기능 구조를 떠받치는 네트워크의 교란으로 읽는다. Ser152 계열은 촉매 자리가 아니라 코어 모듈 사례이며, 완전 매장이므로 개입은 인접 표면 패치를 향한다. ER은 서열이 아니라 접힘 상태를 본다. AF는 대붕괴보다 미묘한 모듈 불확실성을 시사한다. 암브록솔–GCase는 ER 안정화→전달→활성의 조건 레퍼런스이며 IDS 약이 아니다. 열적 안정성은 대리 지표이고, 목표는 competence다. 성공은 결합이 아니라 기능 구조의 회복이다.